AFEM está dirigida por una Junta Directiva constituida por Presidente, Vicepresidente, Secretario, Tesorero y vocales que representan a los diferentes colectivos que integran la asociación: Medicina Hospitalaria, Atención Primaria, SUMMA-112 y médicos residentes.
Para estudiar las diferentes acciones que puedan llevarse a cabo, así como los futuros objetivos a corto y largo plazo y la comunicación de los mismos tanto a los asociados como a la sociedad general y los medios de comunicación, AFEM dispone de varias comisiones de trabajo: comisión de propuestas de mejora del sistema sanitario, comisión de situación laboral, comisión de seguridad del paciente y comisión de coordinación de atención primaria y hospitalaria.
Adicionalmente AFEM cuenta con unos representantes de la misma en la mayoría de los hospitales y centros sanitarios de la Comunidad de Madrid para mejorar la coordinación y contacto con sus asociados.
De esta manera, la Junta Directiva propondrá y gestionará las acciones necesarias para la consecución de los objetivos designados en la Asamblea General. Estas acciones serán entonces coordinadas con los Centros Sanitarios a través de los distintos representantes de Centro.
